Selepas Perang Dunia II tamat dalam tahun 1945, Malaya Command ditubuhkan semula dalam bulan September 1945 sebagai markas pemerintahan tentera British di Malaya. Ibu pejabat ketumbukan Tentera Ke-14 (HQ 14th Army) dari Pasukan tentera Darat Tenggara Asia (SE Asia Land Forces) ditukarkan menjadi asas kepada penubuhan Malaya Command. Ibu pejabatnya ditubuhkan di Singapura. Tanggungjawab Malaya Command dibahagikan kepada dua Daerah Tentera, iaitu Pangkalan Singapura dan Semenanjun Tanah melayu sendiri (Malaya).

Dalam tahun 1947, ibu pejabat Malaya Command dipindahkan ke Kuala Lumpur. Ibu pejabatnya ditetapkan di Jalan Padang Tembak, Kuala Lumpur. (Tapak ini kini menjadi tapak terletaknya Kementerian Pertahanan Malaysia). Bidang tugas Malaya Command kini dibahagikan kepada 3 bahagian, iaitu ;

• Bahagian Utara dengan ibu pejabat di Taiping
• Bahagian Tengah dengan ibu pejabat di Seremban
• Bahagian Johor – dalam tahun 1948 tanggungjawab untuk kawasan Johor telah dipindahkan di bawah tanggungjawab pangkalan Singapura. Ibu pejabat untuk bahagian ini dipindahkan ke Pahang dalam tahun 1949 dan digunakan untuk menubuhkan markas Briged Infantri ke-48 Gurkha.

Apabila Darurat meletus, Malaya Command dinaikkan taraf menjadi markas penuh. Malaya Command menyelaraskan dan mengaturkan perancangan penentangan pengganas-pengganas Komunis dari parti Komunis Malaya. Pembahagian kawasan dibuat seperti cara berikut :

• Bahagian Utara Malaya – ditukarkan dalam bulan Oktober 1953 menjadi Divisyen Persekutuan Pertama (1 Federal Div).
• Bahagian Selatan Malaya – disusun semula pada 1 September 1952 untuk menjadi Divisyen ke-17 Gurkha.
• Bahagian Tengah –ibu pejabat di Seremban
• Bahagian Pangkalan Singapura

Selepas kemerdekaan Persekutuan Tanah Melayu dalam tahun1957, Tentera British secara beransur-ansur memindahkan tanggungjawab pemerintahan tentera kepada Tentera Persekutuan (kini Tentera Darat Malaysia).

Dalam tahun 1963, komponen Tentera British dalam Malaya Command ditukarkan menjadi Markas Pemerintahan Timur Jauh (Far East Command) sehingga dibubarkan dalam tahun 1971 apabila tentera British berundur sepenuhnya daripada Timur Jauh.

Dalam tahun 1957, Divisyen ke-17 Gurkha diubah menjadi teras kepada Pasukan Darat Komanwel di Malaya (Overseas Commonwealth Land Forces (Malaya)) dan Malaya Command diletakkan di bawah bidang kuasa sepenuhnya Tentera Persekutuan.